La programmation de recherche de la professeure Élise Duchesne porte sur l’étude du muscle squelettique, en lien avec les maladies génétiques présentes dans la région du Saguenay–Lac-Saint-Jean, dont la dystrophie myotonique de type 1 (DM1) et l’ataxie récessive spastique autosomique de Charlevoix-Saguenay. 

Elle a développé des projets visant à évaluer l’effet de l’entraînement sur les adaptations du muscle squelettique de patients atteints de DM1. Elle s’intéresse également à l’impact de l’inflammation et des modalités anti-inflammatoires sur le muscle squelettique, ainsi qu’à la fonction des cellules souches musculaires en maladies neuromusculaires. Enfin, elle participe au développement d’un système portatif de monitoring des activités physiques destiné aux patients atteints de DM1. Le système permet non seulement aux usagers de réaliser les exercices prescrits dans le confort de leur domicile, mais également il permettra aux thérapeutes de faire le suivi des activités physiques réalisées par le patient dans leur vie quotidienne. 

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